Являясь правопреемником Томского учительского института, учрежденного "…по высочайшему повелению Государя Императора Николая II 1 июля 1902г.", вуз перешагнул свой столетний юбилей.

Учительский институт был призван готовить учителей для начальных школ, городских и сельских училищ со сроком обучения 5-6 лет, а также учительских семинарий. Первым директором был педагог и организатор системы просвещения В.П. Щепетев. Долгие годы (1907-1920гг.) институт возглавлял И.А. Успенский. В числе преподавателей в этот период работали известные ученые и общественные деятели Сибири начала ХХ века С.И. Гессен, П.Ф. Ломовицкий, В.В. Сапожников, В.И. Шумилов, художники В.И. Лукин, М.М. Митрофанов, С.М. Прохоров. Гордостью института были мастерские ручного труда, которыми руководил Н.И. Молотилов.

Вначале институт располагался в арендованном частном двухэтажном доме по ул. Никитина. К лету 1905г. по проекту известного архитектора Ф.Ф. Гута за казенный счет был построен специально для института учебный корпус, расположившийся на пересечении ул. Киевской и ул. Александровской (ныне ул. Герцена). В 1978г. по решению Томского облисполкома это здание приобрело статус архитектурного памятника начала ХХ века.

В условиях гражданской войны учительский институт, как и многие другие профессиональные учебные заведения страны, подвергался серьезным испытаниям. Решением Томского губернского отдела народного образования его деятельность с 1 ноября 1920 года была "временно" приостановлена, а учебный корпус передан военному ведомству под вторые инженерные курсы комсостава и госпиталь (1920-1922гг.). С 1923г. по 1932г. в нем располагались русский и тюркско-татарский педагогические техникумы, готовившие учителей начальных сельских школ.

Восстановление системы подготовки педагогических кадров с высшим образованием в Томске оказалось возможным лишь в 1930г. благодаря усилиям В.Н. Наумовой-Широких, В.А. Малеева, М.И. Усанович, Г.Е, Чуича, Ф.Ф. Шамахова и др., организовавших в Томском государственном университете работу фактически автономного педагогического факультета в составе трех отделений (литературного, физико-технического, химико-технологического). Деканом факультета был назначен известный лингвист, профессор Г.Т. Чуич.

В августе 1931г. Постановлением СНК РСФСР №752 педагогический факультет при ТГУ был преобразован в самостоятельный индустриально-педагогический институт, обосновавшийся в 1932г. в стенах своего предшественника - Учительского института. Первым директором института был назначен профессор Г.Т. Чуич, его помощником по учебно-научной работе - Ф.Ф. Шамахов, заведующим физико-техническим отделением - М.М. Дегтярев, литературным - И.Я. Костеша, химико-технологическим - З.П. Старкова. Основной задачей института в новых исторических условиях являлась подготовка учителей для школ фабрично-заводского ученичества. Этим и объяснялось название вуза - "индустриально-педагогический".

В 1934г. с введением в СССР всеобщего семилетнего образования перестраивается структура начальной и средней школы, вуз стал именоваться Томским педагогическим институтом. Особое внимание было обращено на повышение научно-педагогической квалификации преподавателей. В 1935г. состоялась первая защита кандидатской диссертации А.Ф. Колесниковым (по физике). С 1937г. стали проводится научные конференции. В 1939г. вышел в свет первый том "Ученых записок ТГПИ". К преподавательской деятельности активно привлекались профессора из государственного университета и политехнического института (Л.П. Кулев, Ф.Э. Молин, М.Д. Рузский и др.).

В тридцатые годы во всех вузах страны вернулись к факультетской системе организации учебного процесса. К 1938г. в результате реорганизации института в нем насчитывалось 5 факультетов: физико-математический, естественный, исторический, русского языка и литературы, иностранных языков (открыт в 1937г.). С 1934г. по 1956г. для ускоренной подготовки учителей 5-7 классов в составе ТГПИ функционировал учительский институт с двухлетним сроком обучения.

В годы Великой отечественной войны 1941-1945гг. многие сотрудники и студенты отправились на фронт. Сам институт, уступив учебный корпус военному госпиталю, переезжал из одного помещения в другое, но деятельность свою не прекратил. Весной 1943г. учебный корпус был возвращен институту. Увеличилось количество студентов, профессорско-преподавательский состав укрепился за счет эвакуированных ученых. За четыре военных года в институте состоялось шесть научных конференций, защищено более десяти кандидатских диссертаций, проведено несколько фольклорных, этнографических и историко-археологических экспедиций.

Во все военные годы сотрудники и студенты института оказывали значительную помощь фронту и тылу. Большая работа осуществлялась и в период восстановления народного хозяйства страны. Основные усилия были направлены на развитие института, его материальной базы, увеличение контингента студентов, особенно заочного обучения. В 1946 г. был открыт шестой факультет - физического воспитания. В 1956г. для него был построен специальный корпус. Продолжалось строительство студенческого общежития, которое было закончено в 1958 г.

В силу демографических условий в 60-х гг. произошел быстрый рост числа учащихся общеобразовательных школ. В этот период ощущалась острая нехватка учительских кадров. Для их подготовки требовалось увеличение учебных площадей. Новый учебный корпус (Комсомольский пр., 75) был введен в строй к концу 1966 г. В это же время институт получил разрешение на проектирование и строительство студенческого общежития на 848 мест, оно вступило в строй в 1970 г. и позволило удовлетворительно (для того времени) решить проблему обеспечения студентов жильем.

Однако, к 1973 г. в числе преподавателей института было лишь 23,2% специалистов с учеными степенями и званиями. Поэтому были предприняты энергичные меры по интенсификации научных исследований за счет укрепления творческих связей с научными учреждениями Академии наук СССР, Академии педагогических наук СССР, рядом научно-исследовательских институтов, в первую очередь Сибирского отделения АН СССР. Был скорректирован план повышения квалификации, в котором нашли отражение практически все ее формы (стажировки, аспирантура, предоставление творческих отпусков и т.д.). Наряду с бюджетными ассигнованиями к финансированию научных исследований стали активно привлекаться хоздоговорные средства. Все это, в конечном счете, привело к улучшению качественного состава преподавателей (1980 г. - 40 % специалистов, имеющих ученые степени и звания).

В 80-е и 90-е годы эта работа активно продолжалась. Особое внимание уделялось подготовке квалифицированных специалистов - докторов наук за счет направления преподавателей в докторантуру и их перевод на должность старшего научного сотрудника для завершения докторских диссертаций. Именно в эти годы получила дальнейшее развитие научная школа специалистов в области языков и культуры малочисленных народов Сибири (основатель - Лауреат государственной премии СССР, профессор А.П. Дульзон). Исследовательские и экспедиционные материалы, имеющиеся в ТГПУ по этой проблеме, используются не только российскими, но и зарубежными коллегами, высоко оценивающими вклад учеников А.П. Дульзона (профессоров А.А. Ким, Е.Г. Которовой, О.А. Осиповой и др.) в изучение языков и культур аборигенных народов Сибири. Начала формироваться научная школа по проблеме "Квантовая теория поля и гравитация", у истоков которой стояли профессора В.Г. Багров, И.В. Тютин, Д.М. Гитман. Их исследования в последующие годы достойно продолжили профессора И.Л. Бухбиндер, П.М. Лавров, В.В. Обухов, С.Д. Одинцов, И.Л. Шапиро, И.М. Шварцман, В.Я. Эпп и их многочисленные ученики. В настоящее время этот коллектив, по мнению российских и зарубежных специалистов, выполняет исследования на мировом уровне.

В эти же годы началась активная научно-практическая работа в области методики преподавания математики в высшей и средней школе (профессора Э.Г. Гельфман, М.А. Холодная), в которой участвуют многие преподаватели математики педагогических вузов России, творчески работающие учителя. Результаты их деятельности широко используются в системе образования многих регионов страны. Завоевывает авторитет научное направление "Коммуникативная стилистика текста" (научный руководитель, профессор Н.С. Болотнова). К работе активно привлекаются не только преподаватели, но и аспиранты, студенты, учителя.

Активизации научно-педагогической деятельности коллектива ТГПУ в эти годы во многом способствовала организация международных связей со странами дальнего зарубежья (Великобритания, Венгрия, Германия, Италия, Польша, США, Франция и др.).

В новых социально-экономических условиях конца 80-х - начала 90-х годов значительные изменения произошли в организации и осуществлении учебной работы, ее научно-методическом обеспечении. Открываются новые факультеты, специальности, специализации, образовательные центры, призванные готовить специалистов, востребованных современными реальностями (педагог-психолог, социальный педагог, социальный психолог, учитель технологии и предпринимательства, национальной экономики, менеджер организации, специалист по связям с общественностью, рекламе и т.д.). Конец 90-х гг. XX в. и начало XXI в. характеризуется дальнейшим развитием вуза во всех областях его деятельности. Возрос его авторитет в системе высшего образования, а также среди работников учреждений просвещения.

За годы своего существования вуз подготовил свыше 45 тысяч специалистов для учреждений образования, науки, культуры, экономики и других областей деятельности. В числе сотрудников, работавших в нем в разные годы, а также его выпускников немало известных ученых, педагогов, писателей, государственных и общественных деятелей. Около 600 человек удостоены Почетных званий "Заслуженный деятель науки РФ", "Заслуженный учитель РФ", "Заслуженный работник культуры РФ", "Заслуженный работник высшей школы РФ" и др. Многие награждены правительственными наградами, Государственными премиями в сфере науки и образования. Свыше 50 ныне работающих сотрудников награждены Почетными знаками "Отличник народного просвещения", "Почетный работник высшего профессионального образования России".

В штате университета в настоящее время работают высококвалифицированные научно-педагогические кадры, среди которых свыше 60 докторов и 250 кандидатов наук. 67% от общего числа профессорско-преподавательского состава имеют ученые степени и звания.

В вузе постоянно проводится работа по повышению качества подготовки специалистов и квалификации профессорско-преподавательского состава (открытие докторантуры по ряду направлений, Советов по защитам диссертаций, расширение аспирантуры, открытие новых направлений подготовки специалистов, укрепление материальной базы учебной, научно-исследовательской и научно-методической работы, пополнение парка персональных компьютеров и оргтехники, укрепление связи с научными и образовательными учреждениями России и зарубежных стран, расширение практики участия коллективов подразделений и отдельных сотрудников в конкурсах грантов российских и зарубежных фондов, включение в выполнение Федеральных научно-технических программ, получение базового бюджетного финансирования научной деятельности от Министерства образования и науки РФ и т.д.).

В настоящее время ТГПУ осуществляет подготовку кадров высшей квалификации по более чем 30 специальностям высшего образования и 30 направлениям научной подготовки.

По итогам 2009 года ТГПУ занимает 3-4 место в официальном рейтинге Министерства образования и науки РФ среди педагогических и лингвистических вузов России и первое место среди педвузов Сибири и Дальнего востока.