Историческая необходимость его появления подтверждается тем фактом, что создание высшего учебного заведения в Краснодаре независимо друг от друга поддержали и основатель первого в мире социалистического государства В. И. Ленин, и главнокомандующий Добровольческой армией А. И. Деникин.

У истоков создания университета стояли известные ученые: физик, основоположник мирового электронного телевидения профессор Б. Л. Розинг; математик, автор популярного учебника алгебры Н. А. Шапошников; основоположник российской бюджетной статистики и кубанский историк, член-корреспондент Российской императорской академии наук Ф. А. Щербина; бывший начальник Морского инженерного училища, генерал-лейтенантА. И. Пароменский. В создании вуза активно участвовал местный энтузиаст П. В. Миронов.

За прошедшие годы неоднократно изменялись названия вуза и его структура: Северо-Кавказский политехнический институт (1918—1919 гг.); Кубанский политехнический институт (1919—1923 гг.); в период с 1923 по 1930 год он развивался в составе факультетов Кубанского сельскохозяйственного института, на базе которых в 1930 году создается Северо-Кавказский институт пищевой промышленности. Последний в 1931 году преобразован во Всесоюзный институт маслобойно-маргариновой промышленности. С 1938 по 1943 год подготовку специалистов вели два вуза: Краснодарский химико-технологический институт жировой промышленности и Краснодарский институт виноградарства и виноделия.

Во время Великой Отечественной войны они, как представлявшие большую государственную ценность, были эвакуированы в Узбекистан. Многие преподаватели и студенты ушли на фронт. Многие из них погибли в боях за Родину. С первых дней войны под руководством профессора М. Н. Ждан-Пушкина в институтских лабораториях был налажен выпуск боеприпасов, позднее — дефицитных медикаментов.

В 1943 г. вузы объединены в Краснодарский институт пищевой промышленности, на базе которого в 1963 г. был создан Краснодарский политехнический институт.

В ноябре 1993 г. институт получил статус университета и был переименован в Кубанский государственный технологический университет (КубГТУ).

В России немного региональных высших школ, имена профессоров которых вошли в государственные энциклопедии. В «Ежегоднике БСЭ» содержится информация о деятельности профессоров Г. Г. Агабальянца и А. А. Мержаниана. «История виноградарства» содержит статьи о А. М. Фролове-Багрееве, А. А. Мержаниане. В «Экономическую энциклопедию» включена статья о П. И. Никитине — авторe учебника «Основы политэкономии», изданного в 49 странах мира. Эти люди сделали университет известным всему миру.

Наибольший вклад преподаватели университета внесли в развитие отечественного виноделия. Они подарили людям солнечный напиток — «Советское шампанское». А. М. Фролов-Багреев — основатель научной школы шампанистов, автор способа производства резервуарного шампанского, единственный в пищевой промышленности лауреат Сталинской премии. Его ученики Г. Г. Агабальянц и А. А. Мержаниан продолжили развитие теории виноделия, создали прогрессивные способы производства игристых вин. В 1961 г. им была присуждена Ленинская премия.

Известными технологами масложировой промышленности были М. Н. Ждан-Пушкин и В. М. Копейковский. Плодотворно работал в этой области Н. С. Арутюнян.

Среди преподавателей старшего поколения был профессор А. А. Серебренников, который в 1912—1919 годах работал старшим конструктором у И. И. Сикорского, участвовал в создании первого многомоторного русского самолета «Илья Муромец».

В Краснодарском политехническом институте трудились профессор Ю. Г. Корнилов — крупный теоретик автоматизации производства, лауреат Государственной премии СССР; ученые-металлурги профессора Н. А. Гарбуз и М. А. Зайков; профессора-машиностроители В. И. Гомозов и И. П. Глущенко; математик, член-корреспондент Академии наук Киргизской СССР профессор Я. В. Быков. Ряд монументальных зданий в Краснодаре спроектирован Заслуженным архитектором РСФСР профессором А. В. Титовым.

В послевоенные годы ректорами университета были профессора П. Г. Асмаев, И. М. Аношин, Я. Д. Рудаков, К. А. Дараган. С 1984 по 2006 год вуз возглавлял профессор А. А. Петрик, избранный в декабре 2006 года первым президентом университета. В марте 2007 года впервые в истории вуза на альтернативной основе ректором избран профессор В. Г. Лобанов.

В 1980 г. указом Президиума Верховного Совета СССР за заслуги в подготовке высококвалифицированных специалистов для народного хозяйства и в развитии науки вуз награжден орденом Трудового Красного Знамени.

В 2003 году университет стал Лауреатом премии администрации Краснодарского края в области качества, в 2006 году — лауреатом конкурса Рособрнадзора «Вузовские системы менеджмента качества подготовки специалистов».

В 2008 году университету присужден уровень «Признанное совершенство» по модели Европейского фонда менеджмента качества EFQM.

В октябре 2008 года в рамках международной программы «Лидеры XXI века» КубГТУ был удостоен международной награды «European Quality» («Европейское качество») — за стремление достичь высокого качества продукции и услуг в соответствии с европейскими стандартами.

В 2009 году КубГТУ сертифицировал систему менеджмента качества в соответствии с международным стандартом «ISO 9001:2008».

В 2008 году в IV Всероссийском конкурсе воспитательных систем образовательных учреждений (номинация «Учреждения высшего профессионального образования») воспитательная система КубГТУ признана лучшей в Краснодарском крае и 3-й в России.

В 2009, 2010, 2011 годах университет становился победителем краевого смотра-конкурса «На лучшее образовательное учреждение по подготовке к новому учебному году» в номинации «Лучшее учреждение профессионального образования».

В 2010 году вуз признан лидером в номинации «Лучшее общежитие образовательного учреждения ВПОКраснодарского края» в смотре-конкурсе общежитий образовательных учреждений НПО, СПО и ВПО всех форм собственности, ведущих образовательную деятельность на территории Краснодарского края.

В 2011 году КубГТУ включен в Еврорегистр Европейской Организации Качества. В этом же году по модели делового совершенства Европейского фонда менеджмента качества (EFQM) вузу присвоен уровень «Признанное совершенство» — 5 звезд.

В 2012 году университет прошел ресертификацию и сертификацию системы менеджмента качества в соответствии с международным стандартом ISO 9001:2008.

В 2012 году КубГТУ второй раз стал призером открытого публичного Всероссийского конкурса учреждений высшего профессионального образования «Вуз здорового образа жизни».

В 2012 и 2013 году технологический университет вошел в число победителей конкурсного отбора программ развития деятельности студенческих объединений образовательных учреждений высшего профессионального образования, проводимом Министерством образования и науки Российской Федерации.

В 2014 и 2015 году КубГТУ признан победителем открытого конкурса Минобрнауки России и Минпромторга России на предоставление государственной поддержки пилотных проектов по созданию и развитию инжиниринговых центров на базе образовательных организаций высшего образования, подведомственных Министерству образования и науки Российской Федерации.

В 2015 году 13 образовательных программ нашего вуза признаны лучшими в рамках проекта «Лучшие образовательные программы инновационной России» 2016 года.

В 2015 году университету присуждена премия Правительства РФ в области качества за достижение значительных результатов в области качества продукции и услуг и внедрение высокоэффективных методов менеджмента качества (Постановление Правительства РФ от 6 ноября 2015 года №1202).