Первоначально Калмыцкий университет включал три факультета (биологический, филологический, физико-математический) и девять кафедр.

Сегодня в структуре университета 10 факультетов и институт калмыцкой филологии и востоковедения, где осуществляется подготовка студентов по 24 специальностям, 35 направлениям бакалавриата, 13 направлениям магистратуры, по 14 специальностям среднего профессионального образования, по ряду программ дополнительного образования. В настоящее время в университете обучается около 8 тысяч студентов (по очной и заочной формам обучения).

Учебно-воспитательную и научно-исследовательскую работу проводит высококвалифицированный профессорско-преподавательский коллектив.

За вклад в воспитание молодежи, общекультурную и миротворческую деятельность, подготовку специалистов для республики звания Почетных профессоров КГУ присвоены Далай-ламе XIV, Патриарху Алексию II, Президенту К. Илюмжинову, Председателю Северо-Кавказского научного центра высшей школы Ю. Жданову, народному поэту Д. Кугультинову, скульптору Э. Неизвестному, депутату Госдумы России Г. Кулику.

В университете ведется постоянная работа над расширением перечня специальностей и специализаций. Приоритетное внимание уделяется подготовке специалистов высшей квалификации, как для подразделений университета, так и для отраслей республики. С этой целью в университете расширен перечень специальностей васпирантуре.

Специалисты, защитившие кандидатские диссертации, успешно трудятся в системе науки и образования Республики Калмыкия. В диссертационном совете К.212.305.01 по защите кандидатских диссертаций по специальности 10.02.22 – Языки народов зарубежных стран Европы, Азии, Африки и аборигенов Америки и Австралии (монгольские языки) также защищаются ученые из Республики Бурятия, Монголии, с которыми Калмыцкий госуниверситет поддерживает тесные научные связи.

За последние 10 лет значительно выросла научная активность и авторитет ученых вуза, что проявилось в их участии в федеральных, отраслевых и региональных программах, в выполнении научных грантов Минобразования России, академии наук, внебюджетных фондов. В 2005-2010 гг. на базе университета проведены около 40 научных форумов, в том числе международные и общероссийские научные конференции по проблемам экологии Прикаспия, филологии и истории монголоязычных народов, буддийской культуре, репрессированным народам, этнопедагогике и этнопсихологии, а также Общественные слушания Общественной Палаты Российской Федерации по вопросам образования. В 2009 году университетом проведена очередная, 13-я, Ассамблея государственных университетов прикаспийских государств.

Растущим признанием пользуются сформировавшиеся в КалмГУ научные школы и направления по проблемам высшего, среднего образования, истории и культуре края, монголоведению и востоковедению, экологии, рациональному природопользованию, животноводству и орошаемому земледелию.

Развиты научная и инновационная инфраструктуры. 

Развитию гуманитарных исследований во многом способствовало заключение Соглашения между правительством Республики Калмыкия и руководством Российского гуманитарного научного фонда, что позволяет ежегодно финансировать до 20-22 проектов ученых университета по филологии, истории, экономике, а также проведение международных научных конференций и экспедиций.

Университет имеет прочные научные связи с ведущими вузами Южного федерального округа (Южный федеральный университет, Астраханский, Волгоградский и Кубанский государственные университеты), университетами национальных республик (Кабардино-Балкарский университет, Дагестанский университет, Мордовский университет), структурными подразделениями Российской Академии наук (Южный научный центр РАН, Пулковская обсерватория).

Такое сотрудничество оказывает положительное влияние фундаментальной науки на становление и развитие научной и образовательной деятельности, на достижение реальных результатов в подготовке специалистов и кадров высшей квалификации.

В 2006 - 2009 гг. в связи с празднованием 400 - летия добровольного вхождения калмыцкого народа в состав России университетом был разработан и реализован план мероприятий, включавший проведение ряда конференций гуманитарной направленности, осуществление комплексных международных научных экспедиций, подготовку и издание научной и научно-популярной литературы и фильмов, укрепление материально-технической базы научно-исследовательских подразделений, разработкуи реализацию программы государственной политики регулирования языковой ситуации в Республике Калмыкия, создание и развитие инновационной национально-региональной системы непрерывного профессионального образования.

Поиск новых форм взаимодействия определяет сегодняшнюю международную жизнь университета.

Калмыцкий государственный университет активно сотрудничает со многими зарубежными вузами: Атырауским государственным университетом им. Х. Досмухамедова, Актауским государственным университетом им. Ш. Есенова, Университетом Внутренней Монголии (КНР), Фондом развития образования и культуры ойратов (монголов) Синьцзяна (г. Урумчи, КНР), Педагогическим Университетом «Гурван-Эрдэнэ» (Монголия), Консорциумом «Московские университеты в Монголии» при Образовательном Центре Московского энергетического института (технического университета) в Монголии, Монгольским государственным университетом, Монгольским государственным педагогическим университетом, Институтом Археологии Рурского университета (г. Бохум, Германия), университетом Ф. Шиллера в г. Йена, с вузами Финляндии (Похгейс - Саво Политехник), Великобритании (Ньюман-колледж, Бирмингем), Испании (Малага) и США.

При Калмыцком государственном университете создано отделение Института «Лингвапакс» (ЮНЕСКОКАТ, Барселона, Испания) «Лингвапакс - Калмыкия», предметом и целью деятельности которого является содействие сохранению языкового многообразия в мире.

КалмГУ является одним из организаторов и активных членов международной Ассоциации университетов Прикаспийских государств, объединяющей 36 университетов и НИИ России, Ближнего и Дальнего зарубежья.

На протяжении многих лет в Калмыцком госуниверситете сложилась определенная система привлечения студентов к научно-исследовательской работе, что обеспечивает тесную интеграцию образовательного процесса с наукой. Каждый год в университете проводятся дни студенческой науки, студенческие научные конференции, конкурсы студенческих работ и докладов, лучшие из которых публикуются в регулярно издаваемых сборниках научных работ студентов, аспирантов и молодых ученых университета. Особое внимание уделяется участию студентов в оплачиваемой научной работе в рамках научно-технических программ и инновационных проектов.

Выпускники Калмыцкого госуниверситета работают на всех предприятиях и в организациях Республики Калмыкия: в общеобразовательных школах, средних профессиональных учебных заведениях, в фирмах, на производственных предприятиях, заняты в аграрном производстве, в строительном комплексе, в СМИ, во всех силовых структурах. В целом по республике Калмыкия около 80% руководителей и специалистов народного хозяйства являются выпускниками КалмГУ. В настоящее время среди выпускников вуза - депутаты Государственной Думы Российской Федерации, парламента Республики Калмыкия, министры и заместители министров РК, проректоры вузов, директора школ, руководители организаций и предприятий.